Anlaşma ile tahliye edilen uygulama alanındaki yapıların maliklerine tahliye veya yıkım tarihinden itibaren Bakanlıkça kararlaştırılacak aylık kira yardımı yapılabilir. Yardım süresi riskli alan dışındaki riskli yapılarda 18 aydır. Riskli ve rezerv yapı alanlarında kira yardımı süresi 48 ayı geçmemek şartı ile ilgili kurumca belirlenir. Aylık kira bedeli Bakanlıkça belirlenir. İnşaat halinde olup içinde ikamet edilen yapılarda kira yardımı veya faiz desteğinden, sadece inşaat halindeki yapıda ikamet edilen bağımsız bölümlerin malik, kiracı ve sınırlı ayni sahipleri faydalanır. Anlaşma ile tahliye edilen yapıların maliklerine mümkün olması hâlinde, kira yardımı yerine tahliye tarihinden itibaren konut ve işyerlerinin teslim tarihine kadar geçici konut veya işyeri tahsisi yapılabilir.
Gecekondu sahiplerine; riskli yapılarda birinci fıkraya göre belirlenen aylık kira bedelinin iki katı kadar, riskli alanlarda (a) bendi uyarınca hak sahipleri için belirlenen süre ve miktarın üçte ikisini geçmemek üzere ilgili kurumca belirlenecek süre ve miktarda, belirlenen riskli alanlarda ise 48 ayı geçmemek şartı ile ilgili kurumca belirlenecek süre ve miktarda,kira yardımı yapılabilir.
Riskli yapılarda; sınırlı aynî hak sahibi olarak ikamet edenlere veya işyeri işletenlere belirlenen aylık kira bedelinin beş katı kadar, kiracı olarak ikamet edenlere, işyeri işletenlere ve Kanun kapsamında taşınmazı anlaşma yolu ile kamulaştırılanlara iki katı kadar, defaten kira yardımı yapılabilir.
Kira yardımı başvuruları; tahliye tarihinden itibaren bir yıl içinde veya riskli yapının yıktırıldığı tarihten itibaren üç ay içinde, Bakanlıkça belirlenecek bilgi ve belgelere istinaden riskli alan veya rezerv yapı alanlarında ilgili kuruma, riskli yapılarda ise Müdürlüğe veya Bakanlıkça yetki devri yapılması durumunda İdareye yapılır. Kanunun ek 1 inci maddesinin birinci fıkrasının (a) bendi uyarınca belirlenen riskli alanlarda kira yardımı süresi yapının tahliye edildiği tarihten itibaren başlatılır.
Kira yardımları; uygulama alanında talebin uygulamayı yapan İdare veya TOKİ tarafından uygun görülmesi ve onaylanmak üzere Bakanlığa gönderilmesi üzerine, ilgililerine ödenmek üzere İdare veya TOKİ’nin hesabına; Riskli yapılarda talebin Müdürlükçe veya Bakanlıkça yetki devri yapılması durumunda İdarece uygun görülmesi ve onaylanması üzerine, doğrudan riskli yapı maliklerinin hesap numaralarına veya ilgililerine ödenmek üzere İdarenin hesabına yapılır. Dönüşüm projeleri özel hesabının finansman durumu gözetilerek Bakanlıkça uygun görülmesi halinde kira yardımının 1 yıla kadar olan kısmı peşin olarak ödenebilir.